Die erste schriftliche Erwähnung des Ortes ist mit einer Urkunde aus dem Jahr 1146 nachgewiesen. Die Bezeichnung Stoitzendorf wird einerseits im slawischen Ursprung, auf den Namen "Stojca", zurückgeführt. Andererseits scheinen Namen wie Hermanus de Stoytzendorf (1263) Heinrich von Stoitzendorf (1301) und Friederici de Stoyzendorf (1345), in Urkunden auf, die natürlich stark auf die Namensgebung hinweisen.
Im 17. Jh. war Stoitzendorf immer wieder Schauplatz von kriegerischen Handlungen und wurde mehrmals verwüstet (1620 die Böhmen, 1645 die Schweden).
Ein historisches Datum ist der 22. Dezember 1923. Ab diesem Tag gibt es elektrisches Licht in Stoitzendorf.
Zu den Besonderheiten
des 300 Einwohner zählenden Ortes zählt das Schloss Stoitzendorf:
Im Kern mittelalterlich, war es bereits im 13. Jh. Gutshof des Stiftes Klosterneuburg, das noch heute über Grundbesitz in Stoitzendorf verfügt. Die Kirche aus 1500 ist dem hl. Leopold geweiht. Das Schloss ist in Privatbesitz.
Die Kirche
Ursprünglich gab es in Stoitzendorf nur eine kleine Kapelle, die dem hl. Apostel Jakobus geweiht war.
Der Standort der heutigen Kirche geht auf das Jahr 1500 zurück. Im 15. Jh. wurde sie vergrößert. Das äußere Erscheinungsbild der Kirche stammt aus dem 17./18. Jh.
Die idyllische Kellergasse
In der von Nussbäumen gesäumten Kellergasse Stoitzendorf hat an fast jedem Wochenende ein uriger Presshausheuriger geöffnet. Als weitere Besonderheit kann die Kellergasse mit einem Rebsortenpfad aufwarten. Auf einer Gesamtlänge von 200 m wurden jeweils 5 Exemplare der in Österreich vorkommenden Rebsorten gepflanzt, die mittels informativer Tafeln gekennzeichnet werden.
Die Weinstraße Weinviertel führt durch Stoitzendorf und seine Kellergasse.