Die Einrichtung des Museums erfolgte 1971 mit Hilfe von Anna Freud, der jüngsten Tochter Sigmund Freuds. Originale Einrichtungsgegenstände, unter anderem das Wartezimmer, eine Auswahl aus seiner Antikensammlung, Autographen und Erstausgaben seiner Werke geben Einblick in die Biographie Freuds, sein kulturelles Umfeld und die Entstehung der Psychoanalyse.
Die in den letzten 10 Jahren erfolgte räumlich-architektonische Erweiterung des Museums und des inhaltlichen Konzeptes unterstreichen die Neupositionierung des Museums im öffentlichen Bewusstsein. Heute steht die Berggasse 19 programmatisch für jene Einrichtungen und Aktivitäten, die das Wissen um die Psychoanalyse, ihre historischen Dimensionen und ihre Querbeziehungen zur Kunst vertiefen.
Neben regelmässigen Sonderausstellungen bietet das Sigmund Freud Museum interessierten Besuchern eine umfassende psychoanalytische Bibliothek, einen Museumsshop, Vorträge im Vortrags- und Ausstellungsaal (Vermietung). Seit 1997 beherbergt das Museum eine Sammlung zeitgenössischer Kunst, die "Foundation for the Arts, Sigmund Freud Museum Vienna". Seit 2002 bietet sich dem Museum durch den Erwerb eines Gassenlokals in der Berggasse 19 ein neues "Fenster" zum Stadtraum. Das Sigmund Freud Museum präsentiert hier im Rahmen des Projektes "Außenansicht /A View from Outside" Installationen internationaler Künstler.