Ausgangspunkt des Österreichischen Teilstücks ist die Hainburger Pforte, von dort entlang der Donau bis Linz über Innsbruck bis nach Feldkirch. Nach dem Teilstück zwischen den berühmten Stiften Göttweig und Melk, wird nun der Abschnitt im Südlichen Waldviertel (Melk - Persenbeug) neu markiert.
Der Jakobsweg im Südlichen Waldviertel verläuft ab dem Stift Melk über die Donaubrücke nach Emmersdorf, folgt dort dem Treppelweg nach Urfahr und zweigt dann hinauf nach Leiben. Von Leiben gehts auf dem klassischen Pilgerweg über Artstetten in den Wallfahrtsort Maria Taferl. Ab Maria Taferl den Bussweg hinunter zur Donau nach Marbach und von da den Radweg über Gottsdorf nach Persenbeug.
Der Abschnitt im Südlichen Waldviertel wird, wie das Teilstück Göttweig - Melk, mit gelben Tafeln markiert. In den Orten finden Sie 3zeilige Tafeln mit der Entfernung zum nächsten Ort. Als Zwischenmarkierung wird die gelbe Jakobsmuschel aufgesprüht.
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