Die Quellen der Thaya liegen im westlichen Waldviertel und in Südböhmen. Auf ihrem Weg zur Mündung in die March wechselt sie mehrmals zwischen Österreich und Tschechien und bildet in Hardegg die Staatsgrenze. In engen Talmäandern durchbricht sie das Böhmische Granimassiv.
Der Umlaufberg bei Hardegg ist ein geomorpholisches Phänomen, wie es "bisher in keinem europäischen Nationalpark geschützt ist", sagt ein Gutachten.
Die Wasserkraft der Thaya diente jahrhundertelang dem Gewerbe. Getreidemühlen, Hammerwerke und Tuchmacher ("Walker") hatten hier ihre Betriebe.
Im großen Stil wird die Thaya seit 1935 genutzt als bei Vranov, wenige Kilometer von Hardegg, die Thaya aufgestaut wurde. Das hat die Charakteristik des Flusses verändert. Denn in diesem Kraftwerk wird meist zweimal täglich Strom für Bedarfspitzen erzeugt. Dadurch steigt stoßartig der Wasserspiegel der Thaya, die Fließgeschwindigkeit wird erhöht, die Wassertemperatur fällt.
Der wichtigste Seitenbach der Thaya, die Fugnitz, ist ein typischer Waldviertler Urgesteinsbach, dessen Ursprünglichkeit bis heute weitgehend erhalten blieb.
