Fischbachau liegt in 800m Höhe an der Bundesstrasse 307 Miesbach-Schliersee-Bayrischzell. Sie nehmen von der Autobahn A8 München - Salzburg entweder die Abfahrt Weyarn oder Bad Aibling. München ist 70 km entfernt, Salzburg ungefähr 90 km.
Fischbachau liegt direkt an der Eisenbahnstrecke München-Schliersee-Bayrischzell. Diese wird von der Bayerischen Oberlandbahn (BOB) betrieben und fährt ca. stündlich.